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行政结构
多伦多大学一直是一所分权制的机构，行政权力由其中央监管部门、学术院系以及下属学院共同分担。大学的立法组织为一院制管理委员会，监管大学整体的学术、经济及内部事务。而在1971年以前，董事会及大学参议院所组成的两院制系统管辖着大学的一切行政事务。多伦多大学的名誉校长通常会由一名前加拿大总督、安大略省省长或外交官来担任，是学校名义上的长官，行政校长则是由委员会钦定为首席执行官。
与北美大多数的高等教育机构不同的是，多伦多大学是一所联邦制大学，基本结构效仿自英国的剑桥大学和牛津大学。每个学院在录取、奖学金、教育项目和其他相关的学术或经济事务上有一定的自治权，这也包括了传统住宿型学院所拥有的住房及相关事物方面的权力。每个学院都有自己的历史、特色和资源，除了提供住宿设施之外，亦负责部分的教学事务。这一系统在十九世纪逐渐完善，教会的神学院为保持活力，用了多种方式与多伦多大学联盟，而它们想要在世俗的机构中保留宗教传统的要求塑造了多伦多大学现今的这一学院联邦制度。虽然权力收归多伦多大学，但不少学院独有的文化得以保留，例如除了多伦多大学学生会外，学院亦各设有独立的学生会。另外就算是同一个学系或同一种课外活动，学院都可能各自设立有关的学会。在报考多伦多大学时，每一个学生需要选择他想进入的学院，其中三一学院、因尼斯学院和维多利亚学院要求学生把学院放在首选才能进入这一学院。
大学学院是第一座跨宗教的学院，它于1853年大学被世俗化后建立。诺克斯学院，一所长老派的学院以及威克利夫神学院，一所低教会派的学院，最初都鼓励它们的学生在大学学院获取非神学学位。1885年，两所学院正式加入多伦多大学并在1890年成为联邦学院。同年，这种联邦制度受到了位于科堡的循道宗派的维多利亚学院的强烈反对，但是在多伦多大学在经济上所可以提供的帮助说服了它的加入。在多伦多大学首任校长约翰·斯特拉坎去世数十年后，同属圣公会的神学院三一学院也于1904年加入联邦。紧接着，由天主教圣巴西略礼拜会所创建的圣米迦勒学院于1910年加入。在加入联邦的学院中，有两所学院最后从多伦多大学独立而出。其中一所是多伦多浸礼会学院，于1930年迁移校址至哈密尔顿，改名为麦克马斯特大学。另一所则是位于金斯顿的长老会派的女王学院，后改名女王大学。
第二次世界大战结束后，多伦多大学分别于1962、1964和1974年创建了新学院、因尼斯学院以及伍兹沃学院，他们都是非宗教学院。这三个学院与大学学院组成了多伦多大学的附属学院，由大学直接进行管理并拨付预算。1963年，梅西基金会组建了梅西学院，专门录取研究生。而雷吉斯学院作为耶稣会神学院于1979年加入多伦多大学联邦。
与四个联邦直属的学院相对应的，是七个独立学院。诺克斯学院、梅西学院、雷吉斯学院、圣米迦勒学院、三一学院、维多利亚学院以及威克利夫学院这七座学院合法的以独立实体的身份运作着，每个学院都有各自的财政捐款立项。尽管圣米迦勒学院、三一学院和维多利亚学院仍认可它们原有的宗教文化，在教学和录取等非神学事务上，它们采取了世俗化的政策。有的学院本身就在实行联邦制度，如维多利亚学院中的伊曼纽尔学院和三一学院中的圣希尔达学院。圣米迦勒学院本拥有圣约瑟夫学院，但于2006年合并。曾为联邦学院的尤尔特学院至1991年被合并入诺克斯学院。现今诺克斯学院、雷吉斯学院、威克利夫学院以及伊曼纽尔、圣米迦勒、三一的神学系可以授予神学的研究生学位，这其中也包括了和多伦多神学院联合设立的神学学位。
院系构架
文理学院是多伦多大学最主要的本科学术学院，管理着大部分学院系统中的课程。尽管那些学院本身不完全负责教学任务，它们会有独特的学术项目和系列讲座。如三一学院的国际关系课程、大学学院开展的加拿大研究、维多利亚学院的文艺复兴课程、因尼斯学院的摄影研究和城市研究、新学院的性别研究、伍兹沃学院的工业关系课程和圣米迦勒学院的中世纪课程。罗特曼管理学院则与文理学院合作，开设本科的商科课程。另一个主要的本科学术学院为应用科学与工程学院。
同时多伦多大学是在传播理论和文学批评上具有影响力的多伦多学派的诞生地。这一学派宗旨被描述为“关于交流在人类文化和思想的构造上的优先性的理论”，是基于哈洛德·英尼斯和埃里克·哈弗洛克的研究所产生的，随后被赫伯特·马歇尔·麦克卢汉等人完善。自1963年开始，信息学院的麦克卢汉文化与科技项目被用于教授、完善多伦多学派的理论研究。
多伦多大学也是多种重大艺术与人文领域项目的学术基地，这其中包括1959年开始记录的《加拿大传记索引》和1969年出版的《伊拉斯谟文集》。还有如清教时期前英国的戏剧艺术相关文献被收录在《早期英国戏剧档案》中，《旧英语索引》中则汇编了于盎格鲁-撒克逊时期使用的早期英语语法。
蒙克国际研究中心包含了多伦多大学诸多在国际关系和对外政策领域的项目和课程。它的斯拉夫研究随着冷战的爆发而发展为一个重要的研究苏联政治和经济的机构，接收过来自洛克菲勒、福特和安德鲁·梅隆基金会的资助。蒙克中心同时也是G20研究小组的总部，这个小组对G20进行独立监控分析；它也是公民实验室的所在地，这一实验室的目标是对网络监控进行研究。多伦多大学在全球范围内都有其办公室，如柏林、香港和锡耶纳。
达拉·拉纳公共健康学院前身是多伦多大学卫生学院，由洛克菲勒基金会自1927年开始运作。在2003年的非典危机后学院复兴，成为现今加拿大规模最大的公共卫生学院，拥有超过750名教职工、800名学生以及遍布全球的合作训练机构。每年超过3900万加元的经费被投入到学院的相关研究，其中包括全球健康的进展、烟草对人体健康的影响、空气污染等社会健康的热点问题。
多伦多大学的医学院则和十个医院组成了其教育体系，可以为加拿大国内外的病患和客户提供治疗、研究和顾问服务。这一体系的一个核心网络名为大学健康组织(UHN)，本身是多伦多综合医院、玛嘉烈公主癌症中心、多伦多康复研究所以及多伦多西部医院，他们构成了加拿大最大的医学及生命科学科研集群。
教学与其他机构
罗特曼学院基于它的课程发展出了一种综合思维的方法论及其训练；在医学机构的外科医生则会同时在大学以及学院内被钦定相关的顾问职位。于1887年建立的法学院在它的正式教学中重视博雅教育以及法理学，这在当时被认为是不寻常的教学方式。在第二次世界大战爆发前，法学院的这一举措帮助加拿大的法律教育系统慢慢胜过传统的法学学徒体系。大学内也有专门的师范学院安大略教育学研究所与另外两个实验学院，分别是儿童教育研究所和多伦多大学附属中学，其中多伦多大学附属中学是由大学管理的一所私立高中。大学内还有一些独立的研究机构，如加拿大理论天体物理学研究所、加拿大宗座中世纪研究所以及菲尔兹数理科学研究所。
由于多伦多大学是一所科研型大学，每个学科都有不同的教学及科研方式方法，这直接导致了教学促进办公室(OTA)于2002年1月成立。教学促进办公室的主要工作就是帮助科研型教授提高教学能力，并试图提高大学综合能力及文化。促进办公室对教授从学术、教学两个方面进行的考评举措通过将教学成果与相应教职工资联系起来得到有效的执行。办公室的唯一一任总监Kenneth指出这一机构的设立为大学带来了戏剧化的改变：“校长和教学副校长、院长和系主任都积极地表彰优秀教学成果，将此视为学院健康活力和荣誉的象征”。2009年，教学促进办公室被合并入新的教学支持与创新中心(CTSI)，持续为大学在本科、研究生级别的教学提供帮助并完善相关机制。
图书馆及文献资源
多伦多大学图书馆系统是北美第三大学术图书馆系统，仅次于哈佛大学和耶鲁大学，这一排名是由其内收藏的文献卷数而计算的。截至2019年，图书馆系统内存有超过一千两百万册成书、五百六十万卷微缩胶片以及超过一百万份地图、电影、照片和录音档案。这其中最大的图书馆是罗伯兹图书馆，它拥有约五百万卷人文社科相关的文献资料。托马斯·费舍善本图书馆则是世界上最大的向公众开放的善本图书馆之一，它的收藏包括埃及莎草纸、摇篮本和唱本等不同时期的文献；文献所涉及的范围则包括西方文学、加拿大文学、亚里士多德、达尔文、西班牙内战、科学史、医学史、印刷史等项。在郑裕彤东亚图书馆中有超过四万卷宋代至清代的中文文献，原持有者为慕学勋。除去各个学院所有的一百九十万卷文献外，大部分剩余的文献分散在不同的院系图书馆内。
位于大学学院内的多伦多大学艺术中心拥有三大艺术收藏，其中Malcove收藏内含有大量来自早期基督教及拜占庭帝国的雕塑、青铜器、家具、画像和礼器。它同时拥有来自希腊罗马时期的玻璃制品和老卢卡斯·克拉纳赫1538年的画作《亚当与夏娃》。除此之外，收藏中也含有加拿大近代艺术作品，大学学院艺术收藏中有很大数量的七人画派及十九世纪风景画家的作品。
